A estrutura organizacional da Cagece prioriza uma gestão com foco na eficiência e transparência na execução dos serviços, abrangendo as áreas estratégicas da companhia.

A Diretoria Executiva da Cagece é constituída por oito membros, residentes no país, sendo um Diretor-Presidente, um diretor de Gestão Corporativa, um Diretor de Financeiro e de Relações com Investidores, uma Diretora de Mercado e Unidade de Negócio da Capital, um Diretor de Unidade de Negócio do Interior, um Diretor de Engenharia e um Diretor Jurídico, eleitos pelo Conselho de Administração, com mandato de dois anos, sendo permitida até três reeleições. Os diretores da Cagece têm competências individuais estabelecidas pelo Estatuto Social da Companhia.

A Cagece dispõe ainda de 19 Superintendências subordinadas às respectivas Diretorias e mais: 47 Gerências, 17 Unidades de Negócios, e Assessorias, contemplando Ouvidoria, Auditoria e Controles Internos, Centro de Excelência e Comissão de Disciplina.