A estrutura organizacional da Cagece prioriza uma gestão com foco na eficiência e transparência na execução dos serviços, abrangendo as áreas estratégicas da companhia.

A Diretoria Executiva da Cagece é constituída por sete membros, residentes no país, sendo um Diretor-Presidente, um diretor de Gestão Corporativa, um Diretor de Financeiro e de Relações com Investidores, uma Diretora de Mercado e Unidade de Negócio da Capital, um Diretor de Unidade de Negócio do Interior e um Diretor de Engenharia, eleitos pelo Conselho de Administração, com mandato de dois anos, sendo permitida até três reeleições. Os diretores da Cagece têm competências individuais estabelecidas pelo Estatuto Social da Companhia.

A Cagece dispõe ainda de 16 Superintendências subordinadas às respectivas Diretorias e mais: 42 Gerências, 17 Unidades de Negócios, e Assessorias, contemplando Ouvidoria, Auditoria e Controles Internos, Centro de Excelência e Comissão de Disciplina.